[Kosak]

Bevor Du die Pickups getauscht hast lief sie doch nur auf 2 Zylindern. Da würde ich mal die Verkabelung in den Armaturen ausschliessen. Wenn da was wäre würde sie garnicht laufen. Der ursprüngliche Fehler liegt also eher im Bereich Pickup, Zündspule, CDI.
Bau doch die alten Pickups mal wieder ein und schau ob sie dann zumindest auf 2 Zylindern läuft. Am Krümmer spürst Du ja welches Zylinder laufen und welche nicht. Dann mal die Zündspulen tauschen. Laufen jetzt die anderen beiden Zylinder ist es die Zündspule. Wenn nicht, tauscht du erstmal nur den Pickup der 2 Zylinder die nicht laufen. Wenn das auch nicht hilft, könnte es die CDI sein.